Керівництво діяльністю Академії здійснює ректор. Протягом 95-річної історії Академії на цій посаді працювали видатні діячі вітчизняної музичної культури. Серед них: Володимир В'ячеславович ПУХАЛЬСКИЙ (1848 – 1933) був ректором у 1913 – 1914 рр.; Рейнгольд Моріцевич ГЛІЄР (1874 – 1956) – 1914 – 1918 рр.; Фелікс Михайлович БЛУМЕНФЕЛЬД (1863 – 1931) – 1918 –1922 рр.; Костянтин Миколайович МИХАЙЛОВ (1882 – 1961) – 1922-1926 рр.; Абрам Михайлович ЛУФЕР (1905 – 1948) – 1934 – 1941 рр., 1944 – 1948 рр..
      У роки Великої Вітчизняної війни, коли Київська консерваторія була в евакуації, вона тимчасово увійшла до складу Свердловської консерваторії, ректором якої на той час був Олександр Гнатович КЛІМОВ (нар. 1898 р.) – 1948 – 1954 рр.; Андрій Якович ШТОГАРЕНКО (1902 – 1992) – 1954 – 1968 рр.; Іван Федорович ЛЯШЕНКО (1927 –1998) – 1968-1974 рр.; Микола Кіндратович КОНДРАТЮК (1931 – 2005) – 1974 – 1983 рр.; Олег Семенович ТИМОШЕНКО (нар. 1932) – 1983-2004 pр.
Від 2004 року ректором Академії є доктор мистецтвознавства, професор, народний артист України Володимир Іванович РОЖОК.
     Національна музична академія України імені П.І. Чайковського є провідним центром музичної освіти України. Вона утворена згідно з Указом Президента України від 5 вересня 1995 року "Про реорганізацію Київської державної консерваторії імені П.І. Чайковського у Національну музичну академію України імені П.І. Чайковського". Таким чином, Національна музична академія імені П.І. Чайковського стала правонаступницею Київської державної консерваторії імені П.І. Чайковського, яка була заснована у листопаді 1913 р.
     Історія Національної музичної академії імені П.І. Чайковського відбиває складну драматичну долю нашої держави. Але на всіх етапах свого існування вона гідно зберігала й примножувала високий професіоналізм, єдність традицій українського народу зі здобутками європейських музичних культур. Рішенням Колегії Міністерства освіти України від 29 червня 1995 року, протокол № 19, Національна музична академія України імені П.І. Чайковського віднесена до навчальних закладів найвищого, IV рівня акредитації.