Керівництво діяльністю Академії здійснює ректор. Протягом майже 100-річної історії Академії на цій посаді працювали видатні діячі вітчизняної музичної культури. Серед них: Володимир В'ячеславович ПУХАЛЬСКИЙ (1848 – 1933) – перший ректор, 1913-1914 р.; Рейнгольд Моріцевич ГЛІЄР (1874 – 1956) – 1914-1918 р.; Фелікс Михайлович БЛУМЕНФЕЛЬД (1863 – 1931) – 1918-1922 р.; Костянтин Миколайович МИХАЙЛОВ (1882 – 1961) – 1922-1934 р.; Абрам Михайлович ЛУФЕР (1905 – 1948) – 1934-1941 р., 1944-1948 р.

     У роки Великої Вітчизняної війни, коли Київська консерваторія була в евакуації, вона тимчасово увійшла до складу Свердловської консерваторії, ректором якої на той час був Олександр Гнатович КЛІМОВ (1898 – 1974) – 1948-1954 р. У післявоєнний час консерваторію очолювали Андрій Якович ШТОГАРЕНКО (1902 – 1992) – 1954-1968 р.; Іван Федорович ЛЯШЕНКО (1927 – 1998) – 1968-1974 р.; Микола Кіндратович КОНДРАТЮК (1931 – 2005) – 1974-1983 р.; Олег Семенович ТИМОШЕНКО (1932-2010) – 1983-2004 p.

     Від 2004 року ректором Академії є доктор мистецтвознавства, професор, народний артист України Володимир Іванович РОЖОК.
Національна музична академія України імені П.І. Чайковського є провідним центром музичної освіти України. Вона утворена згідно з Указом Президента України від 5 вересня 1995 року "Про реорганізацію Київської державної консерваторії імені П.І. Чайковського у Національну музичну академію України імені П.І. Чайковського". Таким чином, Національна музична академія імені П.І. Чайковського стала правонаступницею Київської державної консерваторії імені П.І. Чайковського, яка була заснована у листопаді 1913 р.

     Історія Національної музичної академії імені П.І. Чайковського відбиває складну драматичну долю нашої держави. Але на всіх етапах свого існування вона гідно зберігала й примножувала високий професіоналізм, єдність традицій українського народу зі здобутками європейських музичних культур. Рішенням Колегії Міністерства освіти України від 29 червня 1995 року, протокол № 19, Національна музична академія України імені П.І. Чайковського віднесена до навчальних закладів найвищого, IV рівня акредитації.